Nie każdy sygnalista chce (a czasami – może) zgłosić jakąś nieprawidłowość pod swoim nazwiskiem. Powody są różne – najczęściej to strach albo złośliwość. Zgłoszenie anonimowe to takie, na podstawie którego nie można zidentyfikować danych osobowych sygnalisty. Przykładowo może być to niepodpisane zgłoszenie pisemne, przesłane firmie pocztą, albo zgłoszenie e-mailowe przesłane z adresu niewskazującego danych osobowych.
W Polsce instytucja, do której trafia anonim (firma, urząd itp.) nie ma generalnego obowiązku przyjmowania i rozpatrywania anonimowych zgłoszeń od sygnalistów. Jedyne, co musi zrobić, to zająć stanowisko wobec anonimów w ogóle, tzn. określić w procedurze zgłoszeń, czy i w jaki sposób anonimy będą załatwiane. Możliwe są tu różne rozwiązania. Można określić, że anonimy będą z założenia pozostawiane bez rozpatrzenia. Można dopuścić anonimy tylko w odniesieniu do jakichś kategorii naruszeń (np. o dużym ciężarze gatunkowym, jak określone konstytucyjne wolności i prawa człowieka i obywatela). Można postanowić, że będą rozpoznawane warunkowo, np. po tym, jak sygnalista, z którym na podany adres e-mailowy nastąpi kontakt ze strony firmy, zgodzi się na podanie danych osobowych. Można też dopuścić anonimy składane tylko przez określone kanały zgłoszeń (np. tylko przez platformę dla sygnalistów, udostępnioną przez firmę).
Jeżeli dane sygnalisty anonimowego zostaną ujawnione w dowolnym momencie, czy to w wyniku jego zgody na ujawnienie się, czy też przez przypadek, podlega on takiej samej ochronie, jak sygnalista występujący z imienia i nazwiska. Ma więc prawo do gwarancji poufności, która rozciąga się nie tylko na jego dane osobowe, lecz również na wszelkie informacje, na podstawie których można bezpośrednio lub pośrednio zidentyfikować jego tożsamość. Jest też prawnie chroniony przed działaniami odwetowymi.
Umożliwienie składania anonimów przez sygnalistów ma wady i zalety. Z jednej strony rodzi ryzyko złośliwych i nieprawdziwych pomówień, służących wyrządzeniu komuś szkody. Może też powodować napływ błahych, czy też nieistotnych zgłoszeń. Z drugiej strony zwiększa prawdopodobieństwo, że ujawnione będą poważne naruszenia prawa, które w innym wypadku nie ujrzałyby światła dziennego. W tym kontekście dopuszczenie anonimów może być po prostu jednym ze sposobów uzyskiwania informacji o naruszeniach prawa.